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云南省醫學會成立于1937年，是全省醫學科技工作者和醫學管理工作者自愿組成并依法登記的學術型、公益性、非營利性社會組織，在中國共產黨的領導下，發揮黨和政府聯系醫學科技工作者的橋梁和紐帶作用。是發展我省醫學科學技術和衛生事業的重要社會力量。歷經十四屆理事會，云南省醫學會不斷發展壯大，截止目前，已經擁有近3萬名會員、85個專科分會、285個團體會員單位，薈萃了全省醫學界的著名學者和各醫療衛生單位的技術骨干、學科帶頭人，在國內具有一定的聲譽和影響。

云南省醫學會主要工作職責：開展醫學學術交流；編輯出版醫學期刊《云南醫藥》；開展繼續醫學教育、醫療事故技術鑒定、醫療損害鑒定、預防接種異常反應鑒定；推薦評審中華醫學科技獎，評選和獎勵優秀學術論文、科普作品；發現、推薦和培養優秀醫學科技人才；承辦政府及有關部門委托的其他工作任務；開展醫學科學技術決策論證和醫藥衛生科學技術的咨詢服務；承擔科研課題，推動醫學科研成果的轉化和應用；向黨和政府反映醫學科技工作者的訴求。

云南省醫學會的宗旨是團結全省廣大醫學科技工作者和醫學管理工作者，遵守國家憲法、法律和法規，遵守社會道德風尚，崇尚醫學道德，弘揚社會正氣。堅持民主辦會原則，充分發揚學術民主，提高醫學科技工作者的業務水平，促進醫學科學的繁榮、發展、普及和推廣，促進醫學科技人才和醫學管理人才的成長和素質的提高，為全省各族人民的健康和社會主義經濟建設服務。本會依法維護醫學科技工作者和醫學管理工作者的合法權益，為醫學科技工作者和醫學管理工作者服務。

云南省醫學會實行秘書長負責制。下設綜合辦公室、學術會務部、醫學鑒定中心、《云南醫藥》編輯部四個部室，負責完成理事會、常務理事會、中華醫學會、云南省衛生健康委和省科協等交辦的各項具體任務。

經過多年的努力，云南省醫學會先后被人力資源和社會保障部、中華醫學會、云南省科協分別評為“全國科協系統先進單位”、“先進地方醫學會”、“5A級社會組織”、“一級學會”、“優秀學會”；連續獲每年度的中國科協“全國學會之星”稱號并獲“云南省科普工作先進集體”榮譽。